Au Japon, la fermentation ne se résume pas au miso posé au fond du réfrigérateur ou au natto que certains avalent chaque matin avec du riz. Elle constitue l’un des fondements de la cuisine japonaise : sauce soja, saké, vinaigre, mirin, miso, natto, tsukemono et même certains produits de la mer doivent une partie de leur existence à l’action contrôlée des micro-organismes.
Cette culture ne s’est toutefois pas développée en vase clos. Une partie des techniques à l’origine du miso et de la sauce soja est liée aux traditions fermentaires venues du continent asiatique, avant d’être adaptées aux ingrédients, au climat et aux habitudes alimentaires de l’archipel. Le Japon a ensuite développé une remarquable diversité régionale de produits fermentés.
Aujourd’hui, alors que l’industrie privilégie les cuves en acier et les procédés contrôlés, certains producteurs japonais font le choix inverse. À Shōdoshima, des artisans reconstruisent des kioke — de grands fûts en bois — et tentent de faire revivre un métier qui avait presque disparu. La fermentation japonaise est ainsi devenue un étonnant dialogue entre microbiologie moderne, industrie alimentaire et savoir-faire artisanal.
Le kōji, véritable point de départ
Pour comprendre une grande partie de la fermentation japonaise, il faut commencer par le kōji (麹).
Le terme désigne un substrat — souvent du riz, de l’orge ou du soja — sur lequel est cultivé un champignon microscopique, notamment Aspergillus oryzae. Le kōji n’est donc pas simplement « une moisissure » ajoutée à un aliment : c’est une matière première fermentée qui produit des enzymes capables de transformer les composants de l’aliment.
Ces enzymes jouent notamment un rôle essentiel dans la dégradation de l’amidon et des protéines. Dans le cas du miso, par exemple, les enzymes produites par le kōji transforment l’amidon du riz en sucres et participent à la dégradation des protéines du soja en composés qui contribuent à la richesse aromatique et à l’umami. D’autres micro-organismes, notamment des levures et des bactéries lactiques, interviennent ensuite dans les processus de fermentation et de maturation.
C’est cette succession d’actions qui explique la complexité de nombreux produits japonais. La fermentation ne consiste pas simplement à « laisser vieillir » un aliment. Elle repose sur un environnement où différents micro-organismes interviennent à différents moments.
Le principe se retrouve dans la sauce soja. Les céréales et le soja sont d’abord préparés avec du kōji, puis mélangés à une saumure pour former le moromi. Au cours de la maturation, les micro-organismes transforment progressivement les matières premières et produisent les arômes caractéristiques de la sauce soja.
Le résultat est devenu tellement familier qu’on oublie parfois la sophistication du procédé : une bouteille de sauce soja concentre plusieurs mois de transformation biologique.
Le miso, une famille plutôt qu’un produit unique
Le miso (味噌) est probablement le produit qui illustre le mieux la diversité de cette tradition.
Sa fabrication repose généralement sur trois éléments : du soja, du sel et un kōji fabriqué à partir de riz, d’orge ou parfois de soja. Mais parler « du » miso est trompeur. Le Japon possède une multitude de variétés régionales, avec des différences de matières premières, de quantité de sel, de proportion de kōji et surtout de durée de fermentation et de maturation.
Le miso blanc, souvent appelé shiro miso, est généralement plus clair et plus doux. Il contient une proportion importante de kōji et est souvent associé à une maturation relativement courte. À l’autre extrémité, certains misos plus foncés et plus salés développent des arômes beaucoup plus puissants au fil de leur maturation.
La couleur ne constitue toutefois pas une règle absolue permettant de déterminer systématiquement le goût. Elle dépend notamment des matières premières, de la durée de maturation et des réactions chimiques qui se produisent pendant celle-ci.
Le miso est aujourd’hui utilisé dans la soupe, évidemment, mais aussi dans les marinades, les sauces, les vinaigrettes ou pour assaisonner des légumes et des poissons. Dans la cuisine japonaise domestique, il n’a rien d’un produit exotique : c’est un assaisonnement quotidien dont les usages varient considérablement d’une région à l’autre.
Son histoire est elle-même ancienne. Le ministère japonais de l’Agriculture indique qu’une théorie fait remonter l’introduction du miso au Japon à 666, sous le règne de l’empereur Tenji, depuis le royaume de Goguryeo. Les documents anciens attestent ensuite progressivement de produits apparentés. Il est donc plus prudent de parler d’une longue évolution des aliments fermentés à base de soja que de présenter le miso moderne comme un produit apparu soudainement à une date précise.
Le natto, l’autre visage de la fermentation japonaise
Avec le natto (納豆), on change complètement de registre.
Ici, ce n’est plus le kōji qui est au cœur du processus, mais une bactérie : Bacillus subtilis var. natto. Des graines de soja cuites sont fermentées et prennent cette texture caractéristique, filante et collante, qui constitue souvent le premier obstacle pour les personnes qui découvrent le produit.
Le natto possède d’ailleurs une histoire différente selon les régions. Le ministère japonais de l’Agriculture souligne que les récits sur son origine sont nombreux et difficiles à vérifier. Certaines traditions associent son apparition à des fèves de soja cuites qui auraient fermenté accidentellement dans de la paille. Ce type de récit appartient toutefois davantage à la mémoire traditionnelle qu’à une certitude historique.
Ce qui est mieux documenté, c’est son enracinement ancien dans plusieurs régions japonaises. Dans le Tōhoku, par exemple, la fabrication domestique du natto était autrefois courante. Les familles pouvaient utiliser la paille, la chaleur d’un tas de compost ou différentes méthodes de fermentation selon les lieux et les saisons.
Le natto industriel moderne est d’ailleurs le résultat d’une évolution importante. Au début du XXe siècle, le professeur Jun Hanzawa de l’université impériale de Hokkaidō développa une méthode utilisant une culture pure de bactéries et des récipients permettant une production plus hygiénique et régulière. Cette évolution a contribué à transformer le natto artisanal en produit alimentaire industriel.
Dans l’assiette, la préparation reste très simple : le natto est généralement mélangé avec une sauce, parfois de la moutarde japonaise, puis déposé sur du riz. Beaucoup de Japonais le consomment au petit-déjeuner, mais il ne s’agit évidemment pas d’une obligation culturelle ni d’une habitude universelle.
Sur le plan nutritionnel, le natto est intéressant notamment pour sa teneur en protéines et en vitamine K2. Certaines souches de Bacillus subtilis natto produisent effectivement de la ménaquinone, une forme de vitamine K2.
En revanche, il faut éviter de transformer le natto en aliment miracle. Les propriétés nutritionnelles sont bien documentées, mais elles ne permettent pas de présenter automatiquement tous les produits fermentés comme des médicaments ou des probiotiques aux effets garantis.
Et le tempeh ?
C’est ici que le texte classique sur la « fermentation japonaise » finit souvent par déraper.
Le tempeh n’est pas japonais.
Il s’agit d’un aliment traditionnel indonésien, particulièrement associé à Java. Il est fabriqué à partir de graines de soja fermentées par des moisissures du genre Rhizopus, qui forment un réseau blanc reliant les graines entre elles. Les premières traces écrites connues du tempeh apparaissent dans la littérature javanaise du XIXe siècle.
Sa texture compacte et sa richesse en protéines expliquent son succès international, notamment dans les cuisines végétariennes et végétaliennes. Mais le présenter comme « l’héritage japonais revisité » donne une image fausse de son histoire.
Cela ne signifie pas que le Japon n’expérimente pas autour du tempeh. Des producteurs et cuisiniers japonais peuvent parfaitement l’intégrer à leur cuisine ou développer des variantes contemporaines. Mais il faut parler d’appropriation ou d’adaptation culinaire, pas d’une technique fermentaire japonaise ancestrale.
Cette distinction est importante. La culture japonaise de la fermentation est suffisamment riche pour qu’il soit inutile de lui attribuer des traditions qui viennent d’ailleurs.
Une fermentation qui dépasse largement le miso et le natto
La véritable richesse japonaise apparaît lorsqu’on élargit le regard.
La sauce soja, ou shōyu (醤油), est elle aussi un produit fermenté fondamental. Le saké repose sur une transformation complexe du riz utilisant notamment le kōji. Le mirin est obtenu grâce à la transformation enzymatique du riz et du kōji dans un environnement alcoolisé. Le vinaigre de riz constitue une autre étape de transformation.
Il existe aussi toute une famille de produits fermentés moins connus à l’étranger.
Le tera natto, par exemple, n’a pratiquement rien à voir avec le natto filant du petit-déjeuner. Il s’agit d’un produit à base de soja fermenté avec du kōji puis salé et séché. Il ne produit pas de filaments et ressemble davantage, par sa texture et son goût, à certains produits fermentés à base de soja chinois. Le ministère japonais de l’Agriculture le rattache à une tradition transmise depuis la Chine par des moines bouddhistes à l’époque de Kamakura.
Même le katsuobushi, le fameux bonite séchée utilisé pour préparer le dashi, participe de cette histoire. Après cuisson et fumage, certaines méthodes traditionnelles font intervenir des moisissures pour poursuivre le séchage et la maturation. Le produit final devient extrêmement dur et concentre les composés responsables de son goût.
Quant aux tsukemono, les légumes marinés japonais, ils montrent une autre facette de la relation entre conservation et fermentation. Certains sont véritablement fermentés par des micro-organismes, tandis que d’autres sont simplement marinés dans du sel, du vinaigre, du miso, de la sauce soja ou d’autres préparations. Tous les légumes marinés japonais ne sont donc pas nécessairement des aliments fermentés.
Le retour spectaculaire des kioke
C’est peut-être l’un des mouvements les plus intéressants de la fermentation japonaise contemporaine.
Pendant une grande partie de l’histoire de la production alimentaire japonaise, le bois occupait une place essentielle dans les brasseries et les ateliers de fabrication. Les grands fûts appelés kioke (木桶) servaient notamment à produire la sauce soja, le miso, le vinaigre et d’autres produits fermentés.
Puis l’industrie a changé.
L’acier inoxydable, le plastique et les équipements permettant de contrôler précisément les températures ont progressivement remplacé une partie des anciennes installations. Ces matériaux sont plus faciles à nettoyer, plus prévisibles et mieux adaptés à la production industrielle.
Le problème est apparu lorsque les vieux fûts ont commencé à disparaître.
Un kioke n’est pas simplement un récipient. Au fil des années, le bois peut héberger une communauté de micro-organismes propre à l’environnement de production. Les producteurs traditionnels considèrent cette relation entre le bois, le lieu et la fermentation comme l’une des composantes de la personnalité de leurs produits.
Selon le projet KIOKE, moins de 1 % de la sauce soja japonaise est aujourd’hui produit dans des fûts en bois et il ne resterait que quelques milliers de ces grands récipients encore en activité.
Le chiffre donne une idée de la situation : le kioke n’est pas le mode de production dominant au Japon. C’est précisément ce qui explique l’importance du mouvement actuel de sauvegarde.
À Shōdoshima, on fabrique à nouveau des fûts
L’une des initiatives les plus emblématiques se trouve sur l’île de Shōdoshima, dans la préfecture de Kagawa.
Le « Wooden Barrel Craftsman Revival Project », lancé autour de la maison Yamaroku Shōyu, cherche depuis 2012 à reconstruire une filière capable de fabriquer les grands fûts nécessaires aux producteurs traditionnels.
L’urgence était réelle : après la guerre, la fabrication de nouveaux fûts avait fortement diminué et le nombre d’artisans capables de construire ces énormes récipients était devenu extrêmement faible. En 2012, le brasseur de Yamaroku Shōyu, Yasuo Yamamoto, s’est formé auprès du dernier atelier capable alors de fabriquer ce type de tonneau avec deux charpentiers de Shōdoshima.
Depuis, le projet organise notamment des sessions de fabrication où les producteurs, artisans du bois et autres professionnels travaillent ensemble pour transmettre les gestes.
Le principe est étonnamment concret : préparer les planches, leur donner le bon angle, les assembler en cercle, les maintenir avec des liens de bambou puis installer le fond. Ce n’est pas une reconstitution historique destinée à un musée. Les fûts fabriqués servent réellement à produire de la sauce soja ou du miso.
Le mouvement a même dépassé Shōdoshima. En juillet 2024, un « Wooden Barrel Fermentation Culture Summit » s’est tenu à Shibuya Hikarie, à Tokyo, autour de la transmission des fûts et des savoir-faire liés aux aliments fermentés.
Il ne s’agit donc pas d’un simple retour nostalgique au passé.
Quand l’ancien devient un argument contemporain
Cette renaissance du kioke répond aussi à une nouvelle demande.
Certains consommateurs japonais et étrangers recherchent aujourd’hui des sauces soja et des misos produits avec des méthodes traditionnelles, non seulement pour leur histoire mais pour leurs différences gustatives. Les producteurs mettent en avant la durée de maturation, l’environnement de la brasserie et les particularités du bois.
Le ministère japonais de l’Agriculture présente d’ailleurs les produits fermentés en kioke comme une catégorie susceptible de trouver une place sur les marchés internationaux. Il souligne également que la sauce soja fermentée en fût de bois représente une part infime des exportations japonaises, tandis que des producteurs cherchent précisément à faire connaître cette production artisanale à l’étranger.
La démarche rappelle finalement celle de nombreux produits artisanaux dans le monde : lorsque la production industrielle a presque fait disparaître une technique, celle-ci peut retrouver une valeur précisément parce qu’elle est devenue rare.
Mais il serait faux d’opposer simplement « traditionnel » et « moderne ». Les producteurs japonais utilisent aussi les connaissances scientifiques contemporaines pour comprendre leurs fermentations, améliorer l’hygiène et assurer une production régulière. La tradition qui survit est souvent celle qui accepte de dialoguer avec la technologie.
La fermentation japonaise n’est pas figée
C’est probablement ce qui rend cette culture si intéressante aujourd’hui.
Le Japon ne conserve pas une méthode unique et immuable datant de plusieurs milliers d’années. Il a accumulé, transformé et régionalisé des techniques venues de différentes périodes et parfois de différentes régions d’Asie.
Le kōji reste au cœur d’une grande partie de cette histoire. Le miso continue de varier selon les régions. Le natto conserve son caractère radicalement japonais tout en étant produit industriellement à grande échelle. Le tempeh, lui, appartient à l’histoire indonésienne mais peut désormais être adopté et transformé par des cuisiniers japonais. Et parallèlement, quelques producteurs reconstruisent les grands fûts de bois dont l’industrie alimentaire s’était progressivement débarrassée.
La véritable modernité de la fermentation japonaise se trouve peut-être là : elle ne consiste pas à choisir entre laboratoire et tradition.
Elle consiste à comprendre ce que l’on risque de perdre lorsque l’on gagne en efficacité.
Un fût de bois peut sembler moins pratique qu’une cuve métallique. Une fermentation lente peut sembler absurde face à une production standardisée. Un miso artisanal peut coûter beaucoup plus cher qu’un produit industriel.
Mais derrière ces différences se trouvent des micro-organismes, des gestes, des lieux et des années d’expérience.
Et au Japon, la fermentation reste justement l’art de laisser le temps travailler.
